En 1914, un arqueólogo y su socio se encuentran en el desierto de Egipto estudiando unos grabados en las paredes de un templo antiguo. Los grabados dicen que cada 5000 años llega a la Tierra un ser llamado El Maligno. Unos extraterrestres conocidos como Mondoshawan llegan al templo para retirar desde una cámara secreta, con el fin de custodiarla, la única arma capaz de derrotar el Gran Mal que aparece cada cinco mil años. El arma está formada por cuatro piedras, que representan los cuatro elementos clásicos, y un sarcófago que contiene un Quinto Elemento en forma de un ser humano, que combina el poder de los otros cuatro elementos en una "Luz Divina". Los Mondoshawan le prometen a su contacto humano, un sacerdote, que volverán con los Elementos a tiempo para detener al Gran Mal, pero un accidente les obliga a dejar la llave de la cámara al sacerdote y le dejan instrucciones para transmitir a las generaciones futuras hasta su regreso.
A mediados del siglo XXXIII, el Maligno vuelve a aparecer en el espacio en forma de una gigantesca bola de fuego negro destruyendo un acorazado terrestre. El sacerdote actual de la orden Mondoshawan, Vito Cornelius (Ian Holm), informa el presidente Lindberg (Tom Lister Jr.) de la historia del gran mal y el arma que puede detenerlo. A medida que los Mondoshawan regresar a la Tierra, son emboscados por los Mangalores, una belicosa y proscrita raza alienígena contratada por el empresario Jean-Baptiste Emanuel Zorg (Gary Oldman), quien, a su vez, fue contratado por El Maligno de disponer de las 4 piedras de los elementos. La nave espacial Mondoshawan se destruye y lo único que los científicos de la Tierra pueden recuperar es parte del quinto elemento: una mano. Este miembro es llevado a un centro científico de Nueva York y reconstruyen por completo al "superviviente" que resulta ser una chica: Leeloo (Milla Jovovich). Ésta despierta asustada y confusa por lo que escapa de su confinamiento, termina saltando de una cornisa y aterrizando en el taxi volador de Korben Dallas (Bruce Willis), un ex comandante de las Fuerzas Especiales.
Antes de desmayarse, Leeloo nombra a Vito Cornelius. Dallas lleva a la chica a casa de Cornelio y de su aprendiz, David (Charlie Creed-Miles), gracias a lo cual Cornelius se entera de que las piedras de los cuatro elementos fueron confiadas a la diva Plavalaguna (Maïwenn), un cantante de ópera. Debido a que los Mangalores no pudieron obtener las piedras en la emboscada contra los Mondoshawan, Zorg los mata, y en venganza, los Mangalores supervivientes intentarán obtener los elementos para sí mismos. Al enterarse por los Mondoshawan que Plavalaguna tiene las piedras, el general Munro (Brion James), antiguo superior de Dallas, reenlista a Korben y le ordena viajar de encubierto, como ganador de un concurso de radio, para encontrarse con la diva en un crucero de lujo en el espacio. La publicidad del concurso atrae también a los Mangalores y a Zorg. A bordo de la embarcación viajan Dallas con Leeloo y Cornelius, David se halla cumpliendo órdenes de preparar el templo egipcio para recibir las piedras.
La Diva muere cuando los Mangalores atacan y toman el control de la nave, pero Dallas recupera los Elementos del cuerpo de la Diva. Pelea contra los Mangalores para liberar el barco, matando a su líder. Zorg en su búsqueda de los Elementos encuentra un maletín y asume que los Elementos están en ella, y se marcha dejando tras de sí una bomba de tiempo que hace que los ocupantes del crucero tengan que evacuar. Zorg se marcha en su nave espacial pero descubre que el maletín estaba vacío, por lo que vuelve al crucero. Desactiva su propia bomba pero no había contado con que un Mangalore, antes de morir activara otra, destruyendo el barco y matando a Zorg, mientras que Dallas, Cornelius, Leeloo, y talk-show Ruby Rhod (Chris Tucker) escapaban con los Elementos a bordo de la nave espacial de Zorg.
Los cuatro viajan a la cámara del arma secreta en el templo egipcio, a medida que el planeta de El Maligno se acerca a la Tierra a gran velocidad. El grupo intenta que las piedras funcionen pero Leeloo se niega a cooperar porque ya no quiere salvar al mundo. Está desencantada con la humanidad después de haber llegado a ser testigo de la brutalidad de la guerra y la violencia y se niega a liberar a la Luz Divina. Dallas le explica que a pesar de la guerra aún quedaban otros motivos por los que merecía la pena salvar al mundo, como el amor y la besa, descubriéndose que el Quinto Elemento era el amor. En respuesta, Leeloo combina el poder de las piedras y libera la Luz Divina, haciendo que El Maligno quede latente como una nueva luna en la órbita de la Tierra.
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