Nick Fury (Samuel L. Jackson), director de la agencia de espionaje S.H.I.E.L.D., llega a un centro de investigación remoto durante una evacuación. El Tesseracto (Cubo Cósmico), una fuente de energía cuyo potencial se desconoce, se activa de manera inexplicable abriendo un portal interdimensional. Del mismo sale el dios nórdico exiliado Loki (Tom Hiddleston). Loki asesina a varios miembros de S.H.I.E.L.D., roba el Tesseracto, y usa sus habilidades para controlar las mentes del personal, entre ellos el agente Clint Barton (Jeremy Renner) y el físico Dr. Eric Selvig (Stellan Skarsgard), para después emprender la huida. A pesar de los intentos de la agente María Hill (Cobie Smulders), Loki consigue escapar.
En respuesta al ataque, Fury reactiva la Iniciativa Vengadores. La Agente Natasha Romanoff (Scarlett Johansson) viaja a la India para reclutar al Dr. Bruce Banner (Mark Ruffalo), mientras que el Agente Phil Coulson (Clark Gregg) visita a Tony Stark (Robert Downey Jr.) y le pide que revise la investigación del Dr. Selvig sobre el Tesseracto. Fury por su parte pide a Steve Rogers (Chris Evans) su participación.
Durante su exilio, Loki se alió con una hostil raza alienígena conocida como Chitauri y les pidió que le ayudaran a invadir la Tierra a cambio del Tesseracto. Los Chitauri aceptan al valorar como sencilla la misión.
Escondidos en un laboratorio secreto, el Dr. Selvig le informa a Loki que necesitará iridio, un material muy escaso, y que sin él no podrá ayudarlo. En Alemania, en lo que parece ser una fiesta de gala, Loki llega e irrumpe el lugar buscando iridio, mientras tanto, el Capitán América y la Agente Romanoff viajan al lugar para apresarlo. Acto seguido al robo, Loki empieza a generar el caos, lo que obliga a los asistentes evacuar el lugar y una vez en las calles, Loki demanda a los humanos arrodillarse ante él; pero es interrumpido por el Capitán América que le hace frente. Tras un intercambio de palabras y golpes, aparece del cielo Iron Man quien después de su ostentosa llegada dispara contra Loki para así finalizar el combate. Una vez rendido Loki, es escoltado hacia el avión. Sin embargo, en pleno vuelo Thor (Chris Hemsworth), hermano de Loki y dios nórdico del trueno, llega para llevarse con él a su hermano. En la nave, al percatarse de lo sucedido, Iron Man decide ir tras él. Mientras éste hablaba con Loki para convencerlo de que lo que hacía era incorrecto, Iron Man embiste a Thor. Ambos inician una confrontación en el bosque pero el Capitán América hace su aparición para detenerlos. Loki finalmente es llevado al Helitransporte de S.H.I.E.L.D., un portaaviones aéreo, y puesto en una celda especialmente diseñada para contener a Hulk.
Los Vengadores discuten sobre cómo lidiar con Loki. Tony Stark y el Dr. Banner empiezan a tener sospechas sobre el hermetismo de Fury sobre por qué S.H.I.E.L.D. poseía un objeto tan poderoso como el Tesseracto. Steve Rogers difiere de ambos, sin embargo tras escuchar los argumentos de ambos científicos, Rogers decide buscar respuestas, lo que le permite descubrir que S.H.I.E.L.D. está planeando usar tal energía para desarrollar armas. Al ser cuestionado por los héroes, Fury admite que los eventos en Nuevo México del año anterior2 hicieron queS.H.I.E.L.D. conociera otras amenazantes razas extraterrestres, y que las nuevas armas serían una defensa ante cualquiera de ellas. Mientras el grupo discute, la agente Romannoff interroga a Loki. Éste le recuerda su pasado trágico y perturbador, además de insinuar los sentimientos de la agente por Ojo de Halcón; asimismo revela de manera inconsciente sus intenciones para con el grupo; provocar a Hulk. Por otro lado Ojo de Halcón, controlado por Loki, ataca el Helitransporte desactivando sus motores. Iron Man y el Capitán América se concentran en reiniciar los motores parados. Sin embargo los ataques causan una explosión dentro de la sala donde el Dr. Banner estaba, provocando que el estréstransforme al doctor en Hulk, a pesar de los esfuerzos de la Viuda Negra para calmarlo. Éste comienza a destrozar el interior de la nave. Hulk se topa con Thor que decide enfrentarse con él. Después de un breve enfrentamiento Hulk sale del Helitransporte para atacar un avión y es cuando éste explota, enviando a Hulk al vacío. Durante un enfrentamiento con Ojo de Halcón, la Viuda Negra advierte que un golpe fuerte en la cabeza desactiva el poder mental de Loki, por lo que lo noquea e inmoviliza. Mientras tanto, Thor se dirige hacia donde estaba Loki, justo cuando éste estaba a punto de escapar. Thor intenta detenerlo pero gracias a una ilusión óptica, Thor termina atrapado en la celda, la cual es expulsada de la nave, aunque logra salvarse de la caída. En la nave, el Agente Coulson intenta hacer frente a Loki con una de las armas experimentales, pero Loki mediante otro espejismo lo sorprende por la espalda y lo apuñala. Coulson, con sus últimas fuerzas, logra disparar el arma hiriendo a Loki, pero éste logra escapar. Fury llega tarde al combate.
Después del fatídico episodio, Fury reúne al equipo restante y usa la muerte de Coulson para motivar a los héroes para unirse. Stark y Rogers saben que vencerles no es todo para Loki; debe hacerlo públicamente para que su conquista de la Tierra sea evidente. Tony descifra el plan de Loki. Thor, no estando presente con los otros, encuentra su martillo y provoca una tormenta eléctrica, recuperando su traje y poderes. El Dr. Banner, aturdido, desnudo y sin recordar mucho aparece en una bodega, avistado por un vigilante quien le relata cómo llegó a ese lugar. En el edificio Stark, Iron Man llega y se enfrenta a Loki para ganar tiempo. Loki lo arroja por la ventana pero durante su caída activa su armadura (Mark 7) a través de su pulsera y se salva.
En lo alto de la torre, el Dr. Selvig activa una máquina que con ayuda del Tesseracto logra abrir un portal interdimensional por donde desciende el ejército Chitauri, iniciando así la invasión. Los Vengadores se reúnen para defender Nueva York. El Capitán América, Thor y Ojo de Halcón evacúan a los civiles, mientras Iron Man pelea contra los leviatanes, unas serpientes voladoras gigantes cubiertas de metal. El Dr. Banner llega tras procurarse un transporte y se une al combate convirtiéndose en Hulk a voluntad, dejando entrever que ahora el Dr. Banner tiene un mayor control de su álter ego, y de un solo golpe inmoviliza y detiene al leviatán. El Capitán América reparte órdenes a cada uno del grupo en función de sus capacidades. Loki cuando intenta intervenir es humillado por los golpes de Hulk. Por otro lado, la Viuda Negra logra llegar al generador del portal, donde el Dr. Selvig, ahora libre de Loki, revela que el báculo de éste puede cerrarlo.
Al mismo tiempo, a bordo del Helitransporte, los superiores de Fury deciden acabar todo con un misil nuclear en Manhattan, a lo que Fury se niega infructuosamente, por lo cual alerta al grupo. Iron Man se entera y decide encargarse de esa última misión, interceptando el misil y llevándolo a través del portal, hacia la flota Chitauri. Debido a esto, la armadura se descarga y cae al vacío, de vuelta a la Tierra. La Viuda Negra cierra el portal a tiempo de evitar la onda explosiva. El cuerpo de Tony atraviesa el portal cayendo sin control justo para ser rescatado por Hulk.
Con la Tierra a salvo, Thor escolta a Loki y el Tesseracto de regreso al mundo de Asgard, y los otros Vengadores se separan. Cuando Fury es cuestionado sobre retenerlos, señala que se unirán nuevamente si la ocasión lo necesita.
Durante la escena post-créditos, el líder Chitauri le reclama a su sombrío amo que «Los humanos no son aquella raza infeliz y débil que nos prometieron» y concluye que atacarlos «Sería cortejar a la Muerte misma». Su amo se da la vuelta revelando su identidad, Thanos.
En la segunda escena post-créditos aparece el equipo completo comiendo shawarma en silencio (solo disponible en Estados Unidos en DVD, Blu-Ray y Blu-ray 3D).
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